La investigación del Departamento se realiza a través de proyectos de investigación financiados por instituciones estatales, nacionales y extranjeras tales como el Gobierno del Estado de Yucatán, CONACYT, COSNET, CONABIO, SEMARNAT, SAGARPA, PEMEX, IFS y la Comunidad Económica Europea; por solo citar algunas. Los temas que se desarrollan están relacionados con ecología marina y dulceacuícola, lagunas costeras, dinámica poblacional, biología pesquera, bioeconomía de los recursos naturales, acuacultura, ficología, contaminación marina, biología marina, arrecifes coralinos, parasitología y sanidad de organismos acuáticos, oceanografía y el análisis digital de imágenes satelitales, manejo costero, entre otras.

Los proyectos pueden ser individuales o de grupo, y en ellos se estimula la participación de investigadores tanto del CINVESTAV como de otras instituciones de la región, nacionales y extranjeras. Adicionalmente se realizan acciones de vinculación con la sociedad mediante estudios específicos, evaluaciones de impacto ambiental, cruceros oceanográficos, transferencia de tecnología, etc. La mayor parte de los trabajos se realizan en los litorales de la Península de Yucatán, con influencia en los estados del golfo de México inclusive. 

Algunos de los proyectos en desarrollo dentro de las diferentes tematicas son :

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