Áreas y líneas de generación y aplicación del conocimiento
El Departamento está organizado en dos grandes áreas que representan dos aspectos en la relación de la sociedad humana con la naturaleza. A su vez, cada área está conformada por líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC). Los investigadores participan en una LGAC como opción principal pero también pueden formar parte de otra dependiendo de los intereses profesionales.
Uso social de los ecosistemas
Su objetivo es proveer un entendimiento comparativo de teorías, metodologías y factores relevantes al estudio de las comunidades, y las personas que las conforman. Esta área se enfoca en la forma en que las fuerzas económicas, políticas y socio-culturales transforman regiones y comunidades, y como el conocimiento puede ser utilizado para mejorar la calidad de vida de la comunidad. Está conformada por dos Líneas de Generación y Aplicación de conocimiento:
Cultura y recursos naturales
Sus principales objetivos son: a) Analizar los saberes y prácticas locales sobre la naturaleza como construcciones culturales, sus formas de transmisión y las variaciones asociadas al género y a procesos organizativos a nivel comunitario. b) Analizar el impacto del procesos de cambio local, regional y global sobre estos saberes y prácticas. Ésta LGAC está conformada por los doctores María Teresa Castillo Burguete, María Dolores Cervera Montejano, Julia Elena Fraga y Salvador Montiel Ortega. Las áreas del conocimiento integradas en esta línea son antropología social, antropología psicológica, antropología de la niñez, antropología costera, antropología cultural, etnología y ecología.
Sociedad y recursos naturales
Sus principales objetivos son: a) Conocer las formas de uso social de los recursos naturales a nivel de hogares y comunidades. b) Conocer el impacto que los procesos de desarrollo local, regional y global tienen sobre las formas de uso social de los recursos y sobre los propios recursos y ecosistemas. Ésta LGAC está conformada por los doctores Ana García Silberman, Lane F. Fargher, Salvador Montiel Ortega, Eduardo Batllori Sampedro y Rodrigo T. Patiño Díaz. Las áreas del conocimiento integradas en esta línea son geografía, ecología, agronomía y antropología.
Estado biológico de poblaciones y ambiente
Ésta área está interesada en enfocarse en los aspectos relacionados con la biología del humano y el medio ambiente. Se enfoca al estudio del impacto de las formas sociales de apropiación de la naturaleza sobre los cuerpos humanos, incluyendo procesos de crecimiento y desarrollo, salud y enfermedad y características fisiológicas y morfológicas. Así como el funcionamiento de los ecosistemas y el impacto que tienen las actividades humanas sobre diversos componentes biológicos de las poblaciones y las comunidades de flora y fauna. Está conformada por dos Líneas de Generación y Aplicación de conocimiento:
Crecimiento y desarrollo humano como indicadores de condiciones de vida
Sus principales objetivos son: a) Medir la respuesta biológica, en términos de crecimiento infantil y juvenil, a condiciones ambientales naturales y sociales. b) Evaluar la influencia de factores culturales sobre el desarrollo y estado nutricional. c) Identificar el perfil y transición epidemiológica a nivel estatal. Las áreas de conocimiento involucradas en esta línea son biología humana, nutrición, epidemiología, antropología social, antropología psicológica, antropología de la niñez y sociología. Participan en esta LGAC, el Dr. Sudip Datta Banik y la Dra. María Dolores Cervera Montejano.

Ecología y salud de poblaciones y comunidades bióticas
Sus principales objetivos son: a) Describir la estructura y funcionamiento de las poblaciones, comunidades bióticas y otros ecosistemas creados por el hombre. b) Identificar y estudiar especies vegetales y animales que puedan funcionar como centinelas de la salud ambiental. d) Estudiar efectos de alteración en el ambiente de origen antropogénico (p.ej. xenobióticos, zoonosis) sobre el funcionamiento de los ecosistemas y servicios ambientales que estos proveen. e) Describir la ecología, distribución, e interacción de agentes patógenos (escalas tróficas, interacciones vector reservorio, ciclos silváticos). Las áreas de conocimiento involucradas son Ecología Geo-epidemiología, Modelos matemáticos, Medicina (Toxicología, Entomología médica, Parasitología, epidemiología) y Biología molecular. Participan en esta LGAC los Doctores Carlos Ibarra Cerdeña, Daniela Martínez Natarén, Miguel Ángel Munguía Rosas, Almira Hoogesteyn Reul y Anaximandro Gómez Velasco.